Toda a Rede Cooperja trabalha comercializando seus produtos através da emissão de documentos fiscais eletrônicos, quer sejam NF-e (Nota Fiscal eletrônica) ou cupom fiscal (venda direta ao consumidor). Desta forma, as unidades da Cooperja: Indústria, Supermercados e Lojas Agropecuárias, cumprem sua obrigação, atendendo integralmente as exigências do fisco, recolhendo adequadamente os impostos devidos, aos cofres públicos.
O auditor Cícero Dias explica que trabalhando desta forma, a Cooperja garante que os impostos pagos pelos consumidores que adquirem produtos destas unidades, chegam ao destino. Estes impostos ficam disponibilizados aos administradores públicos, para que os mesmos possam reverter a sociedade em forma de investimentos para setores da saúde, transporte, educação, entre outros.
Além disso, a cooperativa através desse procedimento, torna transparente a seus clientes a procedência dos produtos, que reconhecem desta forma o trabalho sério desenvolvido por toda a Rede Cooperja.